Każdy projekt realizowany ze środków unijnych podlega kontroli.
Kontrole maja miejsce zarówno a trakcie trwania projektu jak i po jego zakończeniu aż do momentu upływu okresu trwałości projektu.
Kontrole obejmują m.in.:
a. kontrola wniosku o płatność – weryfikacja wniosku o płatność pod kątem formalnym i rachunkowym oraz czy wydatki ujęte w tym wniosku do refundacji lub rozliczenia są wydatkami kwalifikowalnymi;
b. kontrola w miejscu realizacji projektu lub w siedzibie beneficjenta – taka kontrola może mieć miejsce zarówno w trakcie trwania projektu lub po jego zakończeniu aż do upływu okresu trwałości projektu (obejmuje m.in. kontrolę dokumentacji, faktur, kontrolę rzeczową itp.)
c. kontrola krzyżowa – wielu beneficjentów realizuje kilka projektów unijnych dlatego tez często zdarzają się kontrole sprawdzające czy np. te same wydatki , wskaźniki nie są zdublowane, sprawdzane będzie, czy w ramach kilku projektów, czy nie ma podwójnego finansowania itp
d. kontrola końcowa – kontrola obejmująca całość projektu (wszystkich dokumentów jak i samego projektu, wskaźników itp., zgodność z procedurami, zgodność z zasada konkurencyjności)
e. kontrola trwałości – ma miejsce po zakończeniu realizacji projektu (weryfikacja czy nie dokonano żadnych niedopuszczalnych zmian w projekcie po jego zakończeniu);
Co do zasad, po każdej kontroli sporządzana jest informacja pokontrolna. W informacji pokontrolnej wskazane są wszystkie kontrolowane elementy i ewentualne uwagi i uchybienia oraz termin do ustosunkowania się do tych zarzutów.
Należy wskazać, że nawet wzorowe prowadzenie projektu, może nie uchronić beneficjenta od otrzymania informacji pokontrolnej wskazujące pewne niedociągnięcia lub inne zarzuty.